燃煤锅炉中的燃料经过燃烧之后会释放出一些有害物质，不仅对人体有害，还会污染环境。所以对于燃煤锅炉要求进行脱硫处理，这其中包括焚烧前的脱硫、焚烧中脱硫以及焚烧后的脱硫，具体的操作方法都是有区别的。
燃煤锅炉开始运行之前就进行脱硫处理，还是以传统的方法为止，比如微生物脱硫、液化以及煤气化、化学或许物理洗选煤法等。现在，虽然这类燃煤锅炉的这类的脱硫技术并不完美，但它可以有效的去掉灰分，能够使得运输量与灰渣处理量大大下降，减少对锅炉造成的磨损。
当燃煤锅炉已经处于焚烧状态下，就可以通过在燃煤中加入固硫剂及粘结剂，并采用吸收剂来达到脱硫的目的。实践证明这种方式的脱硫率并不高，但它能够增湿活化器参加炉，简化脱硫过程。
燃煤锅炉焚烧完成后，产生的烟气中就残留有大量的二氧化氯，所以这时候的脱硫就等于是烟气脱硫，可以通过很多方法来实现。可以依据脱硫时脱硫产品的干湿状况以及是不是参加水，有干法、湿法及半干法脱硫技术。
相比之下，湿法烟气脱硫对于燃煤锅炉来说还是比较理想的，它具有较高的反响功率与速度，以及更低的钙硫比。然而它也存在一定的缺点，那就是投入比较多，而且设备工艺都比较复杂。
燃煤锅炉产生的烟气经过湿法脱硫之后，还有一个相当重要的环节不能忘了，就是一定要对其进行升温和脱水处理，因为脱硫后烟气的温度会比露点低，这样做可以避免腐蚀及烟气带水等问题的发生。